Vingt-sixième campagne 1989 / 1990 :
Le 13 juillet 1989 le CV Christian Rouyer passe le commandement de la Jeanne au CV Jean-Marie Viriot. Durant l’été 1989, la Jeanne subit un long carénage avec un passage au bassin du 22 mai au 22 octobre pour remise en état de l’appareil propulsif et s’assurer de l’état des fonds et de la coque. A cela s’ajoute un grand nombre de modifications liées aux conditions de vie de l’équipage, notamment la modernisation des cuisines afin de répondre aux normes environnementales des pays traversés.

Après divers essais en mer, la Jeanne d’Arc, avec sa conserve le Commandant Bourdais, appareille de Brest le 19 décembre pour sa 26 ème campagne, d’une durée de 140 jours pour 13 escales : Alexandrie, Djibouti, Antsiranana, La Réunion, Port Louis (pour la conserve), îles Kerguelen, Fremantle, Singapour, Bombay, Mascate, Djibouti, Augusta, Tunis, Plymouth et retour à Brest le 27 avril 1990. Pour ce périple, elle embarque 4 Alouette III. Cette 26ème campagne sera la plus courte des campagnes de la Jeanne d’Arc.

A signaler :
- Le départ de Brest se fait par une mer démontée et monsieur Chevènement, ministre de la défense, venu saluer l’équipage, quittera le bord par hélicoptère dans des conditions limites.
- En février, alors que la Jeanne mouille devant Port-aux-Français, le journaliste Jean-Paul Kaufmann, ancien otage au Liban, est invité par le commandant à visiter la Jeanne. Malheureusement, la tempête se lève, le vent atteint les 60 nœuds, le cocktail prévu à bord est annulé et le journaliste Kaufmann sera contraint de quitter la Jeanne à bord d’un chaland lourd venu de terre.
- Au retour à Brest, la conserve Le Commandant Bourdais rejoint Lorient pour devenir, le 20 août 1990, l’Uruguay.
En 1990, nous entrons dans une décennie de doutes. Doutes sur la santé de la Jeanne, sur ses capacités à naviguer aux quatre coins de la planète sans risque d’avarie et doutes sur l’avenir de l’école.
La suite de l’aventure montrera que la Jeanne, malgré quelques problèmes, possédait encore un beau potentiel.
Vingt-septième campagne 1990 / 1991 :
Durant la grande partie de sa disponibilité, la Jeanne subit une période de travaux qui complètent ceux entrepris l’année précédente. Le hangar des hélicoptères subit de gros changements car la flottille 35F n’est plus affectée à bord. Des mitrailleuses 12.7 apparaissent dans les hauts de la Jeanne afin de renforcer ses capacités d’auto-défense rapprochée.
Durant le stage de remise en condition, la Jeanne porte assistance à un voilier en détresse et le skipper est hélitreuillé.
Le 18 décembre, alors que le premier ministre monsieur Michel Rocard préside la cérémonie de départ, la Jeanne est progressivement encerclée par une centaine de bateaux pêcheurs dont les patrons sont venus manifester contre les quotas imposés par Bruxelles.

La Jeanne appareille néanmoins mais dans des conditions «délicates» car il a fallu couper les chaînes de la Jeanne que les pêcheurs retenaient au niveau du coffre. Ce jour-là, la Jeanne perdit 30 mètres de chaîne. L’Enseigne de Vaisseau Henry, la nouvelle conserve, plus vulnérable, appareillera avec retard. Cet évènement aura pour conséquence d’empêcher les familles des marins d’effectuer l’accompagnement traditionnel de la Jeanne jusqu’au goulet à bord des transrades.

Cette nouvelle campagne, longue de 172 jours, comportera 21 escales : Abidjan, Rio de Janeiro, Montevideo, Punta Arena, Valparaiso, Pitcain, Mururoa, Papeete, Hiva Oa, Clipperton, Manzanillo, Acapulco, Rodman, Pointe-à-Pitre, Fort-de-France (conserve), Les Saintes, Kingston, New York, Québec, Saint-Pierre, Reykjavík, Hambourg et retour à Brest le 7 juin 1991. Pour ce périple, elle embarque 4 hélicoptères Alouette III.
A signaler :
- La Jeanne va réaliser quelques missions de service public grâce à ses hélicoptères en portant notamment du matériel électoral sur l’atoll de Hereheretue, puis en déposant un géophysicien sur l’atoll de Fatuy Huku dans l’archipel des îles Marquises.
- Durant cette campagne, la Jeanne fera le «grand écart», allant de la pointe sud de l’Amérique du Sud jusqu’à Reykjavík en Islande à quelques encablures du cercle polaire arctique.
- Le 17 mai, à l’est de Terre-Neuve, la Jeanne et l’EV Henry rencontrent les glaces dérivantes de la banquise. Le PH les traverse sans encombre mais à vitesse très réduite. Par contre l’aviso escorteur, plus léger, subit quelques avaries mineures.
- Dès son retour à Brest, la Jeanne rentre immédiatement dans une nouvelle grande période d’entretien.